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  • Answers to: samtoolsの使い方
    となってしまい作成できない。 < p> <p>2、samtools viewのオプションの使い方がわからない。 mappingされたものとmappingされてないものを Samtools view -f p -F P また他にもよく使うオプションがあったら教えて下さい。 < p>jaWed, 01 Jun 2011 14:42:01 +0900
  • samtoolsの使い方 - #LSQA
    先日からsamtoolsを使い始めて、わからない点が2つあったので教えて下さい。 1、リファレンスゲノム用のindexが作成できない samtools faidx ref fastaとやると [fai_build_core] different line length in sequence ' (null)' Segmentation fault となってしまい作成できない。 2、samtools viewのオプションの使い方がわからない
  • bowtie gt; samtoolsまでをgrid化 - #LSQA
    シェルスクリプトをつかい、染色体を全部束ねたindexに対してbowtieでsamファイルを吐かせ、 そのあとsamtoolsでbam, bam sort, bam indexを順に作らせています。すべて逐次処理です。 Mac OSXを使っているので、どうせならば、xgridで分散処理をしたいのですが、どういうジョブにしたらいいと思いますか
  • 個体ごとのSNPsのコール - #LSQA
    SNPsをコールする際、samtoolsであれば、 ーーーーbam listーーーーー 1 bam 2 bam 3 bam ーーーーーーーーーーーーー というようなファイルを準備し、 samtools mpileup -uf hg19 fa -b bam list | bcftools view -vcg- とすると個体ごとにSNPsが分けられて出力されます。
  • リシークエンスの配列作成について - #LSQA
    はじめまして。 現在、次世代シークエンサーを持ちいてリシークエンスを行っているのですが、近縁種のゲノムが解読されているため、de novoアセンブルを行うことなく、マッピングしたのちに何らかの方法で目的のゲノム配列を得られるのではないかと考えています。 調べたところ、samtoolsの
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    度々失礼します、次世代シークエンサーDRY解析教本でCHIPseq解析の勉強をしている初心者です。 bowtieでマッピング後、samファイルをbamファイルに変換しました。 次に教科書通り「samtools sort 検体 bam 検体_sorted」というコマンドでソートをしようとしてもできません。そこでネットを参考に
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    質問と回答と私 変異解析結果をアミノ酸変異として捕らえる簡便な方法 Dec 23 '10 at 17:53 ma_ko ♦♦ 371 変異解析 ngs アノテーション samtools sureselect 4 questions tagged samtools 11 回答 最近更新された 質問
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    これの意図するとことはいわゆるsamtoolsのpileupのSOAP形式出力(chr19:3298 A C)のような形式を、 geneX S324R (aGU→cGU)などの形に直し、シノニムの除去やアノテーションを簡便にする方法についてです。 [私ができたこと] UCSCのrefgene txtからexon情報を取り出し、フレームに従って、翻訳して
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