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    PLINDER is an academic-industry collaboration offering a gold standard dataset and evaluations for computational protein-ligand interactions prediction
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    To accelerate community adoption, PLINDER will be used as the field’s new Protein-Ligand interaction dataset standard as part of an exciting competition at the upcoming 2024 Machine Learning in Structural Biology (MLSB) Workshop at NeurIPS, one of the field's premiere academic gatherings
  • PLINDER documentation — PLINDER
    PLINDER, short for p rotein l igand in teractions d ataset and e valuation r esource, is a comprehensive, annotated, high quality dataset and resource for training and evaluation of protein-ligand docking algorithms: > 400k PLI systems across > 11k SCOP domains and > 50k unique small molecules
  • plinder · PyPI
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  • PLINDER: Expanding the Frontier of Protein-Ligand Interaction . . .
    With over 400k systems covering >11k SCOP domains and >50k unique ligands, PLINDER represents a significant expansion in the accessible structural PLI universe including a wide range of interaction types, such as multi-ligand systems, oligonucleotides, peptides, and saccharides
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    PLINDER（Protein-Ligand INteractions Dataset and Evaluation Resource）是一个开源项目，旨在为蛋白质-配体对接算法的训练和评估提供全面、注释详尽的高质量数据集和资源。 该数据集包含了超过11k个SCOP域和50k个独特小分子的400k个PLI系统，每个系统有750个以上的注释，包括蛋白质和配体属性、质量、匹配分子系列等。 PLINDER项目是一个社区协作项目，由巴塞尔大学、SIB瑞士生物信息学研究所、VantAI、 NVIDIA 、MIT CSAIL等机构共同发起，并将定期更新。 PLINDER项目主要使用 Python编程 语言。 2 项目使用的关键技术和框架 数据管理：使用Python进行数据管理和处理。
  • Dataset — PLINDER
    Example: An example non-empty, non-NaN value for the given column in a PLINDER system This directory contains all the systems used in the dataset
  • ICML 2024 | PLINDER: 蛋白质配体相互作用数据和评估集
    为此，该研究构建了PLINDER——迄今为止最大且注释最全面的PLI数据集，涵盖449,383个PLI系统，每个系统配备超过500条详细注释，并提供蛋白质、结合口袋、相互作用和配体多个层面的相似性指标，同时支持未结合态（apo）及预测结构。 该研究设计了一套高效的训练集与评估集划分策略，最大限度减少任务相关信息泄漏，提升测试集质量。 基于此，该研究系统比较了不同划分方式下重新训练DiffDock模型所产生的性能差异，展示了划分策略对模型泛化能力评估的重要影响。
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    PLINDER 由超过 400,000 个蛋白质-配体相互作用（PLI）系统组成，涵盖超过 11,000 个 SCOP 域和超过 50,000 个独特的小分子。 每个系统都有超过 750 个注释，包括蛋白质和配体的性质、质量、匹配的分子系列等。
  • PLINDER: The protein-ligand interactions dataset and . . . - bioRxiv
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