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    MAFFT is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems It offers a range of multiple alignment methods, L-INS-i (accurate; for alignment of <∼200 sequences), FFT-NS-2 (fast; for alignment of <∼30,000 sequences), etc
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    一、软件概述与技术背景 MAFFT（Multiple Alignment using Fast Fourier Transform）是当前生物信息学领域广泛使用的多重序列比对工具。 该软件由日本京都大学开发，其核心算法创新性地应用了快速傅里叶变换技术，显著提升了蛋白质和核酸序列的比对效率。
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    文章介绍了多序列比对的挑战，如NP-完全问题和参数选择的难题。 着重讲解了MAFFT的原理、软件开发现状以及如何通过改进参数寻求高精度比对。 作者还提到MAFFT在速度与精度间的权衡，以及其在实际应用中的优势和常用命令行。
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